mega7 다운로드

다운로드 한 다음 FASTA 형식으로 분자 서열 데이터 (뉴클레오티드 또는 아미노산 서열)를 정렬하고 메모장 (*.txt) 파일에 저장합니다. 모든 서열이 동일한 길이여야 할 필요는 없지만 시퀀스는 상동이어야 합니다(실험에서 테스트중인 가설에 따라 다름). 설명 … 주어진 분자 서열 세트에서 계통 유전학 트리를 구축합니다. 지난 25 년 동안 MEGA 소프트웨어는 160 만 번 이상 다운로드되었습니다 … 이제 시퀀스 정렬 및 계통유전학 적 나무 토폴로지(예: 그림 2에 표시된 마법사와 유사)를 업그레이드하여 연구원들이 시퀀스 정렬 및 계통유전학 적 나무 토폴로지(phylogenetic tree topology)를 사용하여 시간에 맞게 조정된 분자 생리를 구축하는 다단계 과정을 안내합니다. 이 마법사는 Newick 형식의 트리 파일을 허용하고, 트리가 루팅될 아웃그룹을 정의하는 데 도움을 주며, 사용자가 발산 시간 보정 제약 조건을 설정할 수 있도록 합니다. 최종 타임트리를 교정하기 위해 시간 제약 조건을 설정하는 것은 RelTime 방법(Tamura et al. 2012)에서 선택사항이므로 M ega7은 교정 제약조건을 사용할 수 있어야 하며 분자 클럭을 가정하지 않습니다.

보정이 사용되지 않는 경우 M ega7은 노드에 대한 상대 발산 시간을 생성하며, 이는 종 및 유전자 가계도에서 발산 이벤트의 순서와 간격을 결정하는 데 유용합니다. 그러나 사용자는 최소 및/또는 최대 제약 조건(Tamura et al. 2013)으로 교정을 제공함으로써 각 노드에 대한 절대 발산 시간 추정치를 얻을 수 있습니다. M ega 7은 아웃그룹(들)을 포함하는 클레이드에 존재하는 캘리브레이션을 사용하지 않는 것이 중요합니다. 이러한 이유로 트리 탐색기에 표시된 시간 트리에는 올바른 과학적 분석 및 해석을 촉진하기 위해 아웃그룹 클러스터가 기본적으로 압축되고 회색으로 표시됩니다. SIMD 가속 libjpeg 호환 JPEG 코덱 라이브러리 분자 진화 유전학 분석 (M ega) 소프트웨어는 이제 점점 더 큰 데이터 세트에 적용되고있다 (Kumar et al. 1994; 타무라 외. 2013). 이를 위해서는 M ega의 연산 코어와 사용자 인터페이스의 기술 발전이 필요했습니다.

연구원은 또한 M ega가 네이티브 크로스 플랫폼 구현에서 사용할 수 있어야 하는 선택한 운영 체제에 대해 높은 처리량과 스크립팅된 분석을 수행해야 합니다. 우리는 DNA의 비교 분석을 수행하는 연구원의 이러한 요구를 해결하기 위해 M ega 소프트웨어 제품군을 발전시키고 더 큰 데이터 세트를 증가시키는 단백질 서열을 수행했습니다. 자동 저장. 명령줄. 임의 클릭. 사용자 지정 트리거 키입니다. 트리 탐색기에서 사용자는 두 후손 계보 모두에서 명확한 뉴클레오티드 또는 아미노산을 가진 적어도 하나의 서열이 있는 정렬의 위치 비율에 해당하는 내부 트리 노드에서 다른 숫자 세트를 표시할 수 있습니다. Filipski 외에서 그림 5를 참조하십시오.

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